دادگاه ویژه روحانیت یکی از ارکان دستگاه قضایی ایران است که درخرداد ???? پیش از آنکه قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تدوین شده باشد، بدستور آیت‌الله خمینی تاسیس شد. این دادگاه نه تنها در قانون اساسی جمهوری اسلامی جایگاهی ندارد بلکه به زعم کثیری، مغایر بسیاری از اصول آن نیز هست.^[?]

دادگاه ویژه روحانیت مستقل از قوه قضائیه و دیوان عالی کشور و مستقیما زیر نظر رهبر ایران فعالیت کرده و روند دادرسی در آن نیز با قوه قضائیه و سایر دادگاههای ایران متفاوت است.^[?]

گرچه آیت‌الله خمینی در سالهای پایانی عمر خود در پاسخ به نامه نمایندگان مجلس بر لزوم بازگشت به قانون اساسی و موقتی بودن دستوراتی که خلاف قانون اساسی داده‌است تاکید کرد، اما علی خامنه‌ای رهبر بعدی، رای به تداوم فعالیت این نهاد(همچون سایر ارگانهای مغایر قانون اساسی) داددر کجا؟ و فعالیت آنرا توسعه بخشید.

دادگاه ویژه روحانیت که یکی از ارکان قدرت ولایت فقیه در ایران و راهی برای کنترل روحانیون و حوزه? علمیه از سوی ر هبر ایران به شمار می‌رود، در عمر سی ساله خود بسیاری از روحانیون منتقد جمهوری اسلامی را محاکمه کرده‌است که از جمله مهمترین آنان آیت‌الله سید محمّدکاظم شریعتمداری، آیت‌الله حسین‌علی منتظری، آیت‌الله عبدالحمید معصومی تهرانی^[?]، عبدالله نوری، محسن کدیور^[?] و حسن یوسفی اشکوری ^[?]، مهدی هاشمی، هادی قابل و هادی خامنه‌ای هستند.^[?] این دادگاه همچنین دکتر مهدی خزعلی، فرزند آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی که پزشکی غیر روحانی است، را احضار و زندانی نمود.^[?]

همچنین در پی دست دادن محمد خاتمی با یک خانم در سفر به ایتالیا، برخی از وی به دادگاه ویژه روحانیت شکایت کرده و مشاور احمدی نژاد در امور روحانیون نیز خواستار محاکمه وی شد.^[?]

این دادگاه همچنین ضمن محاکمه محمد موسوی خوئینی‌ها مدیر مسئول روزنامه سلام حکم به توقیف پنج ساله این روزنامه داد.^[?] این دادگاه همچنین بدون نیاز به استناد به قوانین مصوبه کشور، بنا به احکام شرعی به صدور حکم می‌پرداخت.

دادگاه ویژه روحانیت در دوران اصلاحات فعالیت بیشتری یافت و بسیاری از روحانیون اصلاح طلب را محاکمه کرد.

نمایندگان مجلس هفتم پس از تصویب طرح دولت احمدی نژاد برای قطع بودجه کمک به احزاب و نهادهای غیر دولتی، بودجه آنرا میان نهادی‌های حکومتی تقسیم کردند که از این میان ??? میلیارد ریال نصیب این دادگاه شد.^[?]